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司法院大法官於 5 月 1 日舉行第 1430 次會議，會中作成釋字第 729 號解釋。解釋文：「檢察機關代表國家進行犯罪之偵查與追訴，基於權力分立與制衡原則，且為保障檢察機關獨立行使職權，對於偵查中之案件，立法院自不得向其調閱相關卷證。立法院向檢察機關調閱已偵查終結而不起訴處分確定或未經起訴而以其他方式結案之案件卷證，須基於目的與範圍均屬明確之特定議案，並與其行使憲法上職權有重大關聯，且非屬法律所禁止者為限。如因調閱而有妨害另案偵查之虞，檢察機關得延至該另案偵查終結後，再行提供調閱之卷證資料。其調閱偵查卷證之文件原本或與原本內容相同之影本者，應經立法院院會決議；要求提供參考資料者，由院會或其委員會決議為之。因調閱卷證而知悉之資訊，其使用應限於行使憲法上職權所必要，並注意維護關係人之權益（如名譽、隱私、營業秘密等）。本院釋字第三二五號解釋應予補充。」

本件聲請是由於 102 年 11 月間立法院司法及法制委員會（下稱司法及法制委員會）為審查通訊保障及監察法部分條文修正草案等法律案，依立法院職權行使法第 45 條規定，向聲請人最高法院檢察署調閱該署 100 年度特他字第 61 號偵查卷證之通訊監察聲請書、筆錄、監聽譯文、公文等卷證文書影本及監聽光碟片。聲請人認為依司法院釋字第 325 號、第 585 號解釋意旨，檢察官之偵查係對外獨立行使職權，與法官之刑事審判，應同受憲法保障，且偵查卷證係偵查行為之一部，為犯罪偵查不公開之事項，非屬立法院所得調閱之事物範圍。縱案件偵查終結，若檢察官有違法、不當之情事，亦應由監察院調查。立法院僅能在制度、預算、法律等事項對檢察關進行通案監督，無介入個案調閱偵查卷證之餘地，而拒絕提供。司法及法制委員會認檢察總長迴避監督、藐視國會，將總長函送監察院調查。最高檢察署乃認本於其偵查職權而與立法院調閱文件職權發生適用憲法爭議，報請法務部層轉行政院聲請解釋。

本件爭議涉及立法院得否調閱檢察機關偵查卷證資料的問題。立法院的文件調閱權並非憲法所明文，而是 82 年 1 月公布的釋字第 325 號解釋所闡釋，為立法院行使憲法職權一種輔助性的權力。該號解釋宣告，立法院必要時得經院會決議調閱文件原本，受要求機關非依法律規定或其他正當理由不得拒絕；但對憲法保障獨立行使職權之國家機關調閱文件，則有限制。

大法官於今日作成釋字第 729 號解釋，補充第 325 號解釋，闡明： ( 一 ) 對於偵查中之案件，基於權力分立與制衡原則及憲法保障檢察機關獨立行使職權，立法院不得向檢察機關調閱相關卷證； ( 二 ) 調閱卷證是輔助立法院行使憲法職權之權力，調閱偵查終結經不起訴處分確定或未起訴之他結案件卷證，須基於目的與範圍均屬明確且與行使憲法職權有重大關聯之特定議案所必要，並經院會決議依法為之；如涉另案偵查，得延至該另案偵結後再行提供； ( 三 ) 影本所表彰之內容與原本相同，調閱影本亦應經立法院院會決議。另並宣告 ( 四 ) 立法院及其委員因調閱卷證所悉資訊，其使用應限於行使憲法職權所必要，並注意維護關係人權益及善盡守密義務，亦不得為與職權無關之評論與決議； ( 五 ) 立法院文件調閱權與監察院監察權之功能目的有別，無侵犯監察院調查權之問題，檢查機關不得執此拒絕調閱。此外亦諭知 ( 六 ) 立法院行使文件調閱權，如與受調閱機關發生爭議時，機關間宜循協商途徑合理解決，或以法律明定相關要件與程序，由司法機關審理解決之。相關機關應儘速建立解決機關爭議之法律機制。

最高檢察署另指摘司法及法制委員會監聽調閱專案小組運作要點違憲，因該運作要點為委員會內規，屬其內部議事運作事項，大法官認為尚不生法令牴觸憲法之問題；又主張調閱偵查卷證及列席立法院備詢之相關法令有見解不一致之處，聲請統一解釋部分，未敘明機關間對同一法令所已表示見解之歧異，均不予受理。

本件解釋有 10 位大法官分別提出協同或不同意見書。