吉林大學研究生院建於1984年6月，是經大陸國務院批准的22所重點大學首批試辦的研究生院之一。1996年3月，經原國家教委批准又成為首批正式建院的研究生院之一。

吉林大學研究生教育起步較早，1949年開始招收研究生班，1952年開始招收三年制研究生，1978年開始培養學位研究生。多年來，吉林大學一直把人才培養質量視為學位與研究生教育的生命線。為此，研究生院採取了一系列重要措施：嚴格審查報考資格；科學制訂研究生培養方案；不斷更新課程設置；嚴格學位授與標準；建立健全各項規章制度；嚴格管理；重視研究生德育教育，加強研究生的思想政治工作等。同時，研究生院還進行了一系列關於學位取得與研究生教育方面的改革：優秀碩士生直接攻讀博士學位：本一碩連續和碩一博連續等多種培養模式；為企業或行業培養應用型、複合型碩士碩士研究生；招收法律碩士專業學位（MBA）碩士專業學位研究生；展開在職生人員申請博士、碩士學位。

根據大陸國務院關於高等教育管理體制改善和佈局結構調整的決定，經教育部批准，2000年6月12日，分別隸屬教育部、衛生部、國土資源部、信息產業部的吉林大學、吉林工業大學、白求恩醫科大學、長春郵電學院5所高校合併組建新的吉林大學。新組建的吉林大學學位與研究生教育的學科門類更加齊全，覆蓋了哲學、經濟學、法學、文學、歷史學、理學、工學、醫學、管理學等九大學科門類，有碩士學位授權點163個，博士學受授權點69個，博士後科研流動站15個，在校研究生達5000多人。新吉林大學的學位與研究生教育將在一個新層次上呈現出更廣闊和輝煌的發展前景。